本所簡介
本校馬祖校區係自民國104年2月開始由連江縣政府劉增應縣長及相關人士爭取，與本校張清風前校長共同努力，促成教育部於民國104年10月同意辦理，自106學年度第一學期(2017年9月)開始招生，設有「海洋經營管理學士學位學程」、「海洋工程科技學士學位學程」及「海洋生物科技學士學位學程」等三個學系，並獲教育部經費補助，以3+1(3年在基隆主校區、1年在馬祖校區)方式安排授課。馬祖校區原址為坂里國小(1954-2018)。本校自民國107年7月接手坂里國小開始整建校園，並增建王光祥國際學舍等建築。馬祖校區位於馬祖北竿坂里社區，緊鄰美麗坂里沙灘、北竿遊客中心及芹壁，環境最為幽雅本校自108學年度第一學期(2019年8月27日)在馬祖校區開始上課，並於民國108年9月19日辦理開學典禮，創造臺灣高等教育史的劃時代意義。
馬祖被譽為「閩江口外天上灑下的一串珍珠」，人文歷史地理地質條件甚優，本校將在馬祖推動卓越的教學研究服務，並協助地方產業發展，深耕馬祖，培育馬祖地區人才。在馬祖鄉親的期盼及許泰文校長的堅持及努力下，馬祖分校第四個學術單位「永續發展碩士在職學位學程 （Graduate Program in Sustainability Development）」獲教育部核定，於民國114年8月1日設立並開始招生，旨在培育馬祖地區跨領域永續發展高階人才。
本學程屬於跨領域的學程，雖然專業知識涵蓋很廣，包括自然、社會、工程等領域，但本學程定位為管理及政策面，不涉及較為專業的生物、物理、化學、數學、工程等課程，歸屬於本校「海運暨管理學院」，畢業後授與「商學碩士學位（Master of Business Administration）」。
- 培育馬祖地區四鄉五島永續發展高階人才。
- 配合政府及連江縣永續政策，協助公部門及企業產學合作，朝向永續馬祖方向邁進。